La quatrième section fait revivre la longue phase de déclin qui a obscurci la beauté de la Nativité à partir du XIVe siècle.

Les chroniques des pèlerins témoignent que les revêtements en marbre avaient presque tous été enlevés, que les mosaïques commençaient à tomber et que le toit était en très mauvais état.
L’état critique de l’église était le reflet des tensions religieuses qui ont abouti en 1852 à la création du Statu Quo : un décret du sultan de Constantinople qui réglait minutieusement les modalités, les rituels et les responsabilités des trois ordres religieux géraient depuis toujours ce lieu saint, les grecs orthodoxes, les catholiques franciscains et l’église arménienne.
Au début du troisième millénaire la basilique était dans un état désastreux.